Guía docente de Biotecnología de Actinomicetos y Otros Microorganismos Productores de Moléculas con Actividad Biológica (M78/56/1/10)

-Microorganismos productores de metabolitos secundarios: métodos de aislamiento y de caracterización (secuenciación bar-coding, genotipado mediante técnicas de DNA fingerprinting, metabolic profiling, fenotipado, marcadores moleculares).

-Métodos de fermentación (formatos, miniaturización, escalado de la fermentación), diseño y optimización de la producción, regulación (epigenética, moduladores y señalización).

-Mecanismos y sistemas biosintéticos (Policétidosintasas (PKS), Péptidosintetasas no Ribosomales (NRPS), síntesis de terpenoides.

-Nuevas herramientas moleculares para la generación de nuevos antibióticos: antibióticos híbridos, expresión heteróloga y clonación del metagenoma.

Se recomienda tener conocimientos básicos de Bioquímica, Biología Molecular y Microbiología.

- Saber utilizar los microorganismos para producir moléculas bioactivas y en especial las fermentaciones.
- Conocer los mecanismos de síntesis con elementos microbianos aislados.
- Conocer las estrategias de síntesis de antibióticos.

• Bloque 1: Introducción: descubrimiento de fármacos a partir de productos naturales de origen microbiano
• Bloque 2: Microorganismos y técnicas de aislamiento (Teoría y Prácticas laboratorio):
  • Introduccion a los actinomicetos
  • Introduccion sobre hongos filamentosos
  • Aislamiento de actinomicetos:  descripción de las fuentes y métodos de aislamiento, mantenimiento y preservación de cepas
  • Aislamiento de hongos: descripción de las fuentes y métodos de aislamiento, mantenimiento y preservación de cepas
• Bloque 3: Taxonomía de microorganismos (Teoría y Practicas laboratorio):
  • Taxonomía morfológica: métodos y herramientas de identificación morfológicos,
  • Técnicas de quimiotaxonomía aplicadas a actinomicetos
  • Técnicas de taxonomía molecular y análisis filogenético;
  • Técnicas de selección de cultivos.
• Bloque 4: Sistemas biosintéticos de metabolitos secundarios y métodos de fingerprinting (Teoria y Prácticas laboratorio):
  • Principales sistemas implicados en la síntesis metabolitos secundarios
  • Técnicas de genotipado basado en la producción de metabolitos; análisis de la diversidad metabólica y fingerprinting.

̶  Bloque 5: Genome mining (Teoría y Prácticas Bioinformáticas)

• Teoría de Genome Mining: Mecanismos de biosíntesis y organización genética de rutas biosintéticas, identificación de rutas de biosíntesis y predicción de los metabolitos producidos.
• Biosíntesis y producción heteróloga de metabolitos: secuenciación de genomas, herramientas bioinformáticas de análisis de rutas biosintéticas, herramientas y métodos de clonación y expresión heteróloga, manipulación de rutas biosintéticas, librerías metagenómicas

• Bloque 6: Cultivo de microorganismos (Teoría y Prácticas laboratorio):
  • Introducción al cultivo de microorganismos,
  • Formatos de cultivo líquido y estático
  • Preparación de inóculos y medios de fermentación, requerimientos nutricionales
  • Técnicas de escalado, matraces y biorreactores
  • Optimización de la producción de metabolitos

Taller: presentación artículos seleccionados para su análisis y discusión general

Genome mining (Prácticas Bioinformáticas)

• Biosíntesis y producción heteróloga de metabolitos: secuenciación de genomas, herramientas bioinformáticas de análisis de rutas biosintéticas, herramientas y métodos de clonación y expresión heteróloga, manipulación de rutas biosintéticas, librerías metagenómicas

• Cultivo de microorganismos (Teoría y Prácticas laboratorio):
  • Introducción al cultivo de microorganismos,
  • Formatos de cultivo líquido y estático
  • Preparación de inóculos y medios de fermentación, requerimientos nutricionales
  • Técnicas de escalado, matraces y biorreactores
  • Optimización de la producción de metabolitos

BIBLIOGRAFÍA FUNDAMENTAL:

• J.C. Frankland, P.M. Latter and J.M. Pos (1995). A laboratory guide to soil microbiology some general principles and practice. Medewood Research and Development. Paper Number 115 institute of Terrestrial Ecology Merlewood Research Station Grange-over-Sands.
• A. L Demain and J. E. Davies et al (eds) (2010) Manual of industrial microbiology and biotechnology third edition: American Society for Microbiology.
• R. M. Atlas. (2005) Handbook of Media for Environmental Microbiology SECOND EDITION Taylor & Francis.
• O. Genilloud, I González, O Salazar, J. Martín J. R. Tormo, and F. Vicente (2011) Current approaches to exploit actinomycetes as a source of novel natural products. J Ind Microbiol Biotechnol 38:375–389.
• O. Genilloud & F. Vicente (eds) (2012). Drug Discovery from Natural Products. Royal Society of Chemistry.
• Michael Goodfellow, William B. Whitman, et al. (2012). Bergey's manual of systematic bacteriology. Volume 5, The actinobacteria, Second edition. New York : Springer, [2012] ©2012.
• Genilloud, O. (2019). Natural products discovery and potential for new antibiotics. Current opinion in microbiology, 51, 81-87.
• Genilloud, O. (2018). Mining actinomycetes for novel antibiotics in the omics era: are we ready to exploit this new paradigm?. Antibiotics, 7(4), 85.
• González-Menéndez V, Crespo G, de Pedro N, Diaz C, Martín J, Serrano R, Mackenzie TA, Justicia C, González-Tejero MR, Casares M, Vicente F, Reyes F, Tormo JR, Genilloud O. (2018). Fungal endophytes from arid areas of Andalusia: high potential sources for antifungal and antitumoral agents. Scientific Reports 8(1):9729.

BIBLIOGRAFÍA BLOQUE 3 (TAXONOMIA DE MICROORGANISMOS):

• Bills, G., González-Menéndez, V., Platas, G. (2012). Kabatiella bupleuri sp. nov. (Dothideales), a pleomorphic epiphyte and endophyte of the Mediterranean plant Bupleurum gibraltarium (Apiaceae). Mycologia. 104(4):962-73. doi: 10.3852/12-003.
• Bills, G.F., González-Menéndez, V., Martín, J., Platas, G., Fournier, J., Peršoh, D., Stadler, M. (2012) Hypoxylon pulicicidum sp. nov. (Ascomycota, Xylariales), a Pantropical Insecticid Producing Endophyte. PLOS ONE. DOI: 10.1371/journal.pone.0046687
• González-Menéndez V, Martín J, Siles JA, González-Tejero MR, Reyes F, Platas Gonzalo, Tormo JR, Genilloud O. (2017). Biodiversity and chemotaxonomy of Preussia isolates from Iberian Peninsula. Mycological Progress 16:713–728.
• Stadler, M. (2011). Importance of secondary metabolites in the Xylariaceae as parameters for assessment of their taxonomy, phylogeny, and functional biodiversity. Curr Res Environ Appl Mycol 1:75-133.
• Stadler, M., Læssøe, T., Fournier, J., Decock, C., Schmieschek, B., Tichy, H-V., Peršoh, D. (2014). A polyphasic taxonomy of Daldinia (Xylariaceae). Stud Mycol 77:1-143

BIBLIOGRAFÍA BLOQUE 5 (GENOME MINING):

• M.A. Fischbach and C.T. Walsh (2006). Assembly line enzymology for polyketide and nonribosomal peptide antibiotics: logic, machinery and mechanisms. Chemical Reviews, 106, 3468-3496
• C. Hertweck (2009). The biosynthetic logic of polyketide diversity. Angewandte Chemie, 48, 4688-4716
• A.T. Keatinge-Clay (2007). A tylosin ketoreductase reveals how chirality is determined in polyketides. Chemistry & Biology, 14, 898-908
• H. Ikeda, T. Nonomiya, M. Usami, T. Ohta, S. Omura (1999). Organization of the biosynthetic gene cluster for the polyketide anthelmintic macrolilde avermectin in Streptomyes avermitilis. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 96, 9509-9514
• Sánchez-Hidalgo, M., Pascual, J., González, I., Genilloud, O. (2020). Draft genome sequence and biosynthetic potential of the newly described strain Longimicrobium terrae CB-286315T. Microbiol. Resour. Announc. 9:e00512-20. doi:10.1128/MRA.00512-20.
• Román-Hurtado, F., Sánchez-Hidalgo, M., Martín, J., Ortiz-López, F.J., Genilloud, O. (2020) Biosynthesis and heterologous expression of cacaoidin, the first member of the lanthidin family of RiPPs. bioRxiv. doi: 10.1101/2020.05.20.105809.
• Oves-Costales, D., Sánchez-Hidalgo, M., Martín, J., Genilloud, O. (2020) Identification, cloning and heterologous expression of the gene cluster directing RES-701-3, -4 lasso peptides biosynthesis from a marine Streptomyces strain. Mar. Drugs. 18: 238. doi:10.3390/md18050238.
• Sánchez-Hidalgo, M., Martín, J., Genilloud, O. (2020) Identification and heterologous expression of the biosynthetic gene cluster encoding the lasso peptide humidimycin, a caspofungin activity potentiator. Antibiotics. 9: 67. doi:10.3390/antibiotics9020067.
• Pérez-Victoria, I., Oves-Costales, D., Lacret, R., Martín, Sánchez-Hidalgo, M., Díaz, C., Cautain, B., Vicente, F., Genilloud, O., Reyes, F. (2019) Structure elucidation and biosynthetic gene cluster analysis of caniferolides A-D, new bioactive glycosylated 36-membered polyol macrolides from the marine-derived Streptomyces caniferus CA-271066. Org. Biomol. Chem. 17:2954-2971.
• Sánchez-Hidalgo, M., González, I., Díaz-Muñoz, C., Martínez, G., Genilloud, O. (2018) Comparative Genomics and Biosynthetic Potential Analysis of Two Lichen-Isolated Amycolatopsis Strains. Front. Microbiol. 9:369.
• Olano, C., García, I. González, A., Rodriguez, M., Rozas, D., Rubio, J., Sánchez-Hidalgo, M., Braña, A.F., Méndez, C., Salas, J. (2014) Activation and identification of five clusters for secondary metabolites in Streptomyces albus J1074. Microb. Biotechnol. 7:242-256.
• Lee, N., Hwang, S., Kim, J., Cho, S., Palsson, B., & Cho, B. K. (2020). Mini review: Genome mining approaches for the identification of secondary metabolite biosynthetic gene clusters in Streptomyces. Computational and Structural Biotechnology Journal.
• Albarano, L., Esposito, R., Ruocco, N., & Costantini, M. (2020). Genome Mining as New Challenge in Natural Products Discovery. Marine Drugs, 18(4), 199.
• Russell, A. H., & Truman, A. W. (2020). Genome mining strategies for ribosomally synthesised and post-translationally modified peptides. Computational and Structural Biotechnology Journal.
• Blin, K., Shaw, S., Steinke, K., Villebro, R., Ziemert, N., Lee, S. Y., ... & Weber, T. (2019). antiSMASH 5.0: updates to the secondary metabolite genome mining pipeline. Nucleic acids research, 47(W1), W81-W87.
• Kautsar, S. A., Blin, K., Shaw, S., Navarro-Muñoz, J. C., Terlouw, B. R., van der Hooft, J. J., ... & Selem-Mojica, N. (2020). MIBiG 2.0: a repository for biosynthetic gene clusters of known function. Nucleic acids research, 48(D1), D454-D458.

BIBLIOGRAFÍA BLOQUE 6 (CULTIVO DE MICROORGANISMOS E INDUCCION DE METABOLITOS SECUNDARIOS):

• Bills, G., Martin, J., Collado, J., Platas, G., Overy, D., Tormo, J.R., Vicente, F., Verkleij, G.J.M., Crous, P.W. (2009). Measuring the distribution and diversity of antibiosis and secondary metabolites in filamentous fungi. SIM News, 133-147.
• Bills, G., Platas, G., Fillola, A., Jiménez, M.R., Collado, J., Vicente, F., Martín, J., González, A.,Bur-Zimmermann, J., Tormo, J.R., and Peláez, F. (2008). Enhancement of antibiotic and secondary metabolite detection from filamentous fungi by growth on nutritional arrays. J Appl Microbiol. 104:1644-1658.
• De la Cruz, M., Martín, J., González-Menéndez, V., Pérez-Victoria, I., Moreno, C., Tormo, J.R., El Aouad, N., Guarro, J., Vicente, F., Reyes, F., Bills, G. (2012). Chemical and physical modulation of antibiotic activity in Emericella species. Chem Biodivers. 9:1095-1113
• González-Menéndez V, Asensio F, Moreno C, de Pedro N, Monteiro MC, de la Cruz 1, Vicente F, Bills GF, Reyes F, Genilloud O, Tormo JR. (2014). Assessing the effects of adsorptive polymeric resin additions on fungal secondary metabolite chemical diversity. Mycology 5:179–191.
• González-Menéndez, V, Pérez-Bonilla M, Pérez-Victoria I, Martín J, Muñoz F, Reyes F, Tormo JR, Genilloud O. (2016) Multicomponent Analysis of the Differential Induction of Secondary Metabolite Profiles in Fungal Endophytes. Molecules (Basel, Switzerland) 21,
• González-Menéndez, V, Martínez G, Serrano R, Muñoz F Martín J, Genilloud O, Tormo JR (2018). Ultraviolet (IUV) and mass spectrometry (IMS) imaging for the deconvolution of microbial interactions. BMC System Biology doi: 10.1186/s12918-018-0617-3.
• González-Menéndez V, Crespo G, Toro C, Martín J, de Pedro N, Tormo JR, Genilloud O (2109). Extending the Metabolite Diversity of the Endophyte Dimorphosporicola tragani. Metabolites, 2019, 9: 197.
• Martín, J., Crespo, G., González-Menéndez, V., Pérez-Moreno, G., Sánchez-Carrasco, P., Pérez-Victoria, I., Ruiz-Pérez, L.M., González-Pacanowska, D., Vicente, F., Genilloud, O., Bills, G., Reyes, F. (2014). MDN-0104, an antiplasmodial betaine lipid from Heterospora chenopodii. J Nat Prod. 77(9):2118-2123. doi: 10.1021/np500577v.
• Nielsen, K.F., Larsen, T.O. (2015). The importance of mass spectrometric dereplication in fungal secondary metabolite analysis. Front Microbiol. 17; 6:71. doi: 10.3389/fmicb.2015.00071
• Ortíz-López, F.J., Monteiro, M.C., González-Menéndez, V., Tormo, J.R., Genilloud, O., Bills, G., Vicente, F., Zhang, C., Roemer, T., Singh, S.B., Reyes, F. (2015). Cyclic colisporifungin and linear cavinafungins, antifungal lipopeptides isolated from Colispora cavincola. J Nat Prod 27; 78(3):468-75. doi: 10.1021/np500854j.
• Serrano, R., González-Menéndez, V., Rodríguez, L., Martín, J., Tormo, J. R., & Genilloud, O. (2017). Co-culturing of Fungal Strains Against Botrytis cinerea as a Model for the Induction of Chemical Diversity and Therapeutic Agents. Front Microbiol. 8: 649.

• Abd-El-Haleem, D., Layton, A. C. y Sayler, G. S. (2002). Long PCR-amplified rDNA for PCR-RFLP- and Rep-PCR-based approaches to recognize closely related microbial species. Journal of Microbiological Methods, 49(3): 315-319.
• Anderson, A. S. y Wellington, E. M. H. (2001). The taxonomy of Streptomyces and related genera. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 51(3): 797-814.
• Ayuso, A., Clark, D., Gonzalez, I., Salazar, O., Anderson, A. y Genilloud, O. (2005). A novel actinomycete strain de-replication approach based on the diversity of polyketide synthase and nonribosomal peptide synthetase biosynthetic pathways. Applied Microbiology and Biotechnology, 67(6): 795-806.
• Ayuso-Sacido, A. y Genilloud, O. (2005). New PCR primers for the screening of NRPS and PKS-I systems in actinomycetes: Detection and distribution of these biosynthetic gene sequences in major taxonomic groups. Microbial Ecology, 49(1): 10-24.
• Basilio, A., Gonzalez, I., Vicente, M. F., Gorrochategui, J., Cabello, A., Gonzalez, A. y Genilloud, O. (2003). Patterns of antimicrobial activities from soil actinomycetes isolated under different conditions of pH and salinity. Journal of Applied Microbiology, 95: 814-823.
• Bentley, S. D., Chater, K. F., Cerdeño-Tárraga, A. M., Challis, G. L., Thomson, N. R., James, K. D. et al. (2002). Complete genome sequence of the model actinomycetes Streptomyces coelicolor A3(2). Nature, 417: 141-147.
• Berdy, J. (2005). Bioactive microbial metabolites. Journal of Antibiotics, 58(1): 1-26
• Bull, A. T., Ward, A. C. y Goodfellow, M. (2000). Search and discovery strategies for biotechnology: The paradigm shift. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 64 (3): 573-606.
• Busti, E., Monciardini, P., Cavaletti, L., Bamonte, R., Lazzarini, A., Sosio, M. y Donadio, S. (2006). Antibiotic-producing ability by representatives of a newly discovered lineage of actinomycetes. Microbiology, pp. 675-683.
• Chun, J., Lee, J. H., Jung, Y., Kim, M., Kim, S., Kim, B. K. y Lim, Y. W. (2007). EzTaxon: a web-based tool for the identification of prokaryotes based on 16S ribosomal RNA gene sequences. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 57: 2259-2261.
• Davies, J. (1990). What are antibiotics? Archaic functions for modern activities. Molecular Microbiology, 4(2): 1227-1232.
• Davies, J. and K. S. Ryan (2011). Introducing the Parvome: Bioactive Compounds in the Microbial World. ACS Chem Biol.
• De Bruijn, F. J. (1992). Use of repetitive (repetitive extragenic palindromic and enterobacterial repetitive intergeneric consensus) sequences and the polymerase chain-reaction to fingerprint the genomes of Rhizobium meliloti isolates and other soil bacteria. Applied and Environmental Microbiology, 58(7):  2180-2187.
• Demain, A. L. (1998). Induction of microbial secondary metabolism. International Microbiology, 1: 259-264.
• Demain, A. y Adrio, J. (2008). Contributions of microorganisms to industrial biology. Molecular Biotechnology, pp. 41-55.
• Demain, A. L. y Sanchez, S. (2009). Microbial drug discovery: 80 years of progress. Journal of Antibiotics, 62(1): 5-16.
• Duetz, W. A., Ruedi, L., Hermann, R., O'Connor, K., Buchs, J. y Witholt, B. (2000). Methods for intense aeration, growth, storage, and replication of bacterial strains in microtiter plates. Applied and Environmental Microbiology, 66(6): 2641-2646.
• Duetz, W. A. (2007). Microtiter plates as mini-bioreactors: miniaturization of fermentation methods. Trends in Microbiology, 15(10): 469-475.
• Edlund, A., Loesgen, S., Fenical, W. y Jensen, P. R. (2011). Geographic distribution of secondary metabolite genes in the marine actinomycete Salinispora arenicola. Applied and Environmental Microbiology, 77(17): 5916-5925.
• Embley, T. M. y Stackebrandt, E. (1994). The Molecular Phylogeny and Systematics of the Actinomycetes. Annual Review of Microbiology, pp. 257-289.
• Embley, T. M. y Wait, R. (1994). Structural lipids of eubacteria. En Chemical Methods in Prokaryotic Systematics, pp. 121-161. Editado por M. Goodfellow, A. G. O’Donnell. John Wiley and Sons Ltd., Chichester.
• Fiedler, H. P., Bruntner, C., Bull, A. T., Ward, A. C., Goodfellow, M., Potterat, O., Puder, C. y Mihm, G. (2005). Marine actinomycetes as a source of novel secondary metabolites. Antonie van Leeuwenhoek, 87: 37-42.
• Fox, G. E. y Stackebrandt, E. (1987). The application of 16S ribosomal-RNA cataloging and 5S ribosomal-RNA sequencing in bacterial systematics. Methods in Microbiology, pp. 405-458.
• Gevers, D., Huys, G. y Swings, J. (2001). Applicability of rep-PCR fingerprinting for identification of Lactobacillus species. FEMS Microbiology Letters, 205(1): 31-36.
• Gontang, E. A., Gaudencio, S. P., Fenical, W. y Jensen, P. R. (2010). Sequence-Based Analysis of Secondary-Metabolite Biosynthesis in Marine Actinobacteria. Applied and Environmental Microbiology, 76(8): 2487-2499.
• Gonzalez, I., Ayuso-Sacido, A., Anderson, A. y Genilloud, O. (2005). Actinomycetes isolated from lichens: Evaluation of their diversity and detection of biosynthetic gene sequences. FEMS Microbiology Ecology, pp. 401-415.
• Goodfellow, M. y Minnikin, D. E. (1985). Chemical Methods in Bacterial Systematics. London, United Kingdom. Academic Press.
• Hayakawa, M. y Nonomura, H. (1989). A New Method for the Intensive Isolation of Actinomycetes from Soil. Actinomycetologica, 3(2): 95-104.
• Hayakawa, M., Sadakata, T., Kajiura, T. y Nonomura, H. (1991a). New methods for the highly selective isolation of Micromonospora and Microbispora from soil. Journal of Fermentation and Bioengineering, 72(5): 320-326.
• Hayakawa, M., Kajiura, T. y Nonomura, H. (1991b). New methods for the highly selective isolation of Streptosporangium and Dactylosporangium from soil. Journal of Fermentation and Bioengineering, 72(5): 327-333.
• Hayakawa, M., Tamura, T. y Nonomura, H. (1991c). Selective isolation of Actinoplanes and Dactylosporangium from soil by using gamma-collidine as the chemoattractant. Journal of Fermentation and Bioengineering, 72(6): 426-432.
• Hayakawa, M., Otoguro, M., Takeuchi, T., Yamazaki, T. y Iimura, Y. (2000). Application of a method incorporating differential centrifugation for selective isolation of motile actinomycetes in soil and plant litter. Antonie van Leeuwenhoek, 78(2): 171-185.
• Heyrman, J., Mergaert, J., Denys, R. y Swings, J. (1999). The use of fatty acid methyl ester analysis (FAME) for the identification of heterotrophic bacteria present on three mural paintings showing severe damage by microorganisms. FEMS Microbiology Letters, 181(1): 55-62.
• Innis, M. A., Gelfand, D. H., Sninsky, J. J. y White, T. J. (1990). PCR Protocols. A Guide to Methods and Amplifications. Academic Press. San Diego, CA.
• Kawai, K., Wang, G., Okamoto, S. y Ochi, K. (2007). The rare earth, scandium, causes antibiotic overproduction in Streptomyces spp. FEMS Microbiology Letters, 274(2): 311-315.
• Kell, D. B., Brown, M., Davey, H. M., Dunn, W. B., Spasic, I. y Oliver, S. G. (2005). Metabolic footprinting and systems biology: The medium is the message. Nature Reviews Microbiology, 3: 557-565.
• Lane, D. J. (1991). 16S/23S rRNA Sequencing. En Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics, pp. 115-175. Editado por E. Stackebrandt y M. Goodfellow. Wiley, New York.
• Lanoot, B., Vancanneyt, M., Dawyndt, P., Cnockaert, M., Zhang, J. L., Huang, Y., Liu, Z. H. y Swings, J. (2004). BOX-PCR fingerprinting as a powerful tool to reveal synonymous names in the genus Streptomyces. Emended descriptions are proposed for the species Streptomyces cinereorectus, S. fradiae, S. tricolor, S. colombiensis, S. filamentosus, S. vinaceus and S. phaeopurpureus. Systematic and Applied Microbiology, 27(1): 84-92.
• Lechevalier, M. P. (1977). Lipids in bacterial taxonomy - Taxonomists view. Critical Reviews in Microbiology, 5(2): 109-210.
• Lechevalier, H. A. (1989). A practical guide to generic identification of actinomycetes. En Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, pp. 2344-2347. Editado por S. T. Williams, M. E. Sharpe y J. G. Holt. Williams & Wilkins, Baltimore.
• Martín, J., T. da S. Sousa, et al. (2013). Kocurin, the True Structure of PM181104, an Anti-Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Thiazolyl Peptide from the Marine-Derived Bacterium  Kocuria palustris. Marine Drugs.
• Martinez-Klimova, E., K. Rodríguez-Peña, et al. (2017). Endophytes as sources of antibiotics. Biochemical Pharmacology. 134: 1-17.
• Martiny, J. B. H., Bohannan, B. J. M., Brown, J. H., Colwell, R. K., Fuhrman, J. A., Green, J. L., Horner-Devine, M. C., Kane, M., Krumins, J. A., Kuske, C. R., Morin, P. J., Naeem, S., Ovreas, L., Reysenbach, A. L., Smith, V. H. y Staley, J. T. (2006). Microbial biogeography: putting microorganisms on the map. Nature Reviews Microbiology, 4(2): 102-112.
• Miller, L. T. (1982). Single derivatization method for routine analysis of bacterial whole-cell fatty acid methyl esters, including hydroxy acids. Journal of Clinical Microbiology, 16(3): 584-586.
• Minas, W., Bailey, J. E. y Duetz, W. (2000). Streptomycetes in micro-cultures: Growth, production of secondary metabolites, and storage and retrieval in the 96-well format. Antonie van Leeuwenhoek, 78(3-4): 297-305.
• Morón, R., Gonzalez, I. y Genilloud, O. (1999). New genus-specific primers for the PCR identification of members of the genera Pseudonocardia and Saccharopolyspora. International Journal of Systematic Bacteriology, 49(1): 149-162.
• Moss, C. W., Dees, S. B. y Guerrant, G. O. (1980). Gas-liquid-chromatography of bacterial fatty-acids with a fused-silica capillary column. Journal of Clinical Microbiology, 12(1): 127-130.
• Nicholson, T.P., Rudd, B.A., Dawson, M., Lazarus, C.M., Simpson, T.J. y Cox, R.J. (2001). Design and utility of oligonucleotide gene probes for fungal polyketide synthases. Chemical Biology, 8(2): 157-78.
• Salazar, O., Gonzalez, I. y Genilloud, O. (2002). New genus-specific primers for the PCR identification of novel isolates of the genera Nocardiopsis and Saccharothrix. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 52: 1411-1421.
• Salazar, O., Valverde, A. y Genilloud, O. (2006). Real-Time PCR for the detection and quantification of Geodermatophilaceae from stone samples and identification of new members of the genus Blastococcus. Applied and Environmental Microbiology, 72(1): 346-352.
• Sara Palomo, I. G., Mercedes de la Cruz, Jesús Martín, José Rubén Tormo, Matthew Anderson, Russell T Hill, Francisca Vicente, Fernando Reyes  and Olga Genilloud (2013). Sponge-derived Kocuria and Micrococcus spp. as new sources of thiazolylpeptide antibiotics. Marine Drugs.    
• Sasser, J. M., Fieldhouse, D. J. y Carter, C. N. (1984). Computer-assisted identification of bacteria based on fatty-acid analysis. Phytopathology, 74(7), 882-882.
• Schleifer, K. H. y Stackebrandt, E. (1983). Molecular systematics of prokaryotes. Annual Review of Microbiology, 37: 143-187.
• Schwarzer, D., Finking, R. y Marahiel, M. A. (2003). Nonribosomal peptides: from genes to products. Natural Product Reports, 20(3): 275-287.
• Shen, B. (2003). Polyketide biosynthesis beyond the type I, II and III polyketide synthase paradigms. Current Opinion in Chemical Biology, 7(2): 285-295.
• Sosio, M., Bossi, E., Bianchi, A. y Donadio, S. (2000). Multiple peptide synthetase gene clusters in Actinomycetes. Molecular Genetics and Genomics, 264: 213-221.
• Stackebrandt, E., Rainey, F. A. y Ward-Rainey, N. L. (1997). Proposal for a new hierarchic classification system, Actinobacteria classis nov.  International Journal of Systematic Bacteriology, 47(2): 479-491.
• Strobel, G. and B. Daisy (2003). Bioprospecting for Microbial Endophytes and Their Natural Products. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 67: 491-502.
• Strobel, G., B. Daisy, et al. (2004). Natural Products from Endophytic Microorganisms. Journal of Natural Products, American Chemical Society. 67: 257-268. 
• Valiante, V., M. C. Monteiro, et al. (2015). Hitting the Caspofungin Salvage Pathway of Human-Pathogenic Fungi with the Novel Lasso Peptide Humidimycin (MDN-0010). Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 59: 5145-5153.        
• Vandamme, P., Pot, B., Gillis, M., DeVos, P., Kersters, K. y Swings, J. (1996). Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics. Microbiological Reviews, 60(2): 407-438.
• Vaneechoutte, M. (1996). DNA fingerprinting techniques for microorganisms. A proposal for classification and nomenclature. Molecular Biotechnology, 6(2): 115-142.
• Versalovic, J., de Bruijn, F. J. y Lupski, J. R. (1998). Repetitive sequence-based PCR (rep-PCR) DNA fingerprinting of bacterial genomes. En Bacterial Genomes, pp. 437-454. Editado por de Bruijn, F. J.; Lupski, J. R.; Weinstock, G. M. Kluver Academic Publishers.

http://www.ezbiocloud.net/eztaxon;

http://www.fungalbarcoding.org/;

http://www.actino.jp/DigitalAtlas/;

https://antismash.secondarymetabolites.org/;

https://mibig.secondarymetabolites.org/

El artículo 17 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que la convocatoria ordinaria estará basada preferentemente en la evaluación continua del estudiante, excepto para quienes se les haya reconocido el derecho a la evaluación única final.

Ver significado SE en: http://masteres.ugr.es/bioenterprise/pages/info_academica/index

El artículo 19 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que los estudiantes que no hayan superado la asignatura en la convocatoria ordinaria dispondrán de una convocatoria extraordinaria. A ella podrán concurrir todos los estudiantes, con independencia de haber seguido o no un proceso de evaluación continua. De esta forma, el estudiante que no haya realizado la evaluación continua tendrá la posibilidad de obtener el 100% de la calificación mediante la realización de una exposición oral o trabajo escrito individual sobre el contenido teórico.

Los sistemas de evaluación y calificación se describen en: http://masteres.ugr.es/bioenterprise/pages/info_academica/index

El artículo 8 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que podrán acogerse a la evaluación única final, el estudiante que no pueda cumplir con el método de evaluación continua por causas justificadas.

Para acogerse a la evaluación única final, el estudiante, en las dos primeras semanas de impartición de la asignatura o en las dos semanas siguientes a su matriculación, si ésta se ha producido con posterioridad al inicio de las clases o por causa sobrevenidas, lo solicitará, a través del procedimiento electrónico, a la Coordinación del Máster, quien dará traslado al profesorado correspondiente, alegando y acreditando las razones que le asisten para no poder seguir el sistema de evaluación continua.

La evaluación en tal caso consistirá en la realización de una exposición oral o trabajo escrito individual sobre el contenido teórico.