Guía docente de Experimentación y Desarrollo Tecnológico en Ciencias Ómicas (M78/56/1/2)

• Técnicas de secuenciación masiva de DNA.

• Interacciones intragenómicas; Heterosis. Epistasis. Pleiotropía.

• Metagenómica.

• Análisis seriados de expresión génica (SAGE)

•  Identificación y cuantificación de la expresión de genes individuales. RT-PCR y PCR en tiempo real.

• Técnicas avanzadas de purificación e identificación de proteínas.

• Espectrometría de masas para la identificación de proteínas y péptidos: Electrospray y MALDI-TOF.

• Aspectos prácticos en la aplicación de técnicas metabolómicas. Resonancia magnética nuclear, espectrometría de masas, cromatografía de gases y técnicas cromatográficas utilizadas en metabolómica.

• Análisis de rutas metabólicas.

Tener conocimientos en Biología Celular y Molecular

• Capacidad de plantear aproximaciones experimentales utilizando técnicas ómicas.

• Familiarizarse con el procesamiento y análisis de los resultados obtenidos mediante el empleo de las diferentes ciencias ómicas.

• Conocer las innovaciones de las técnicas de arrays: Epigenética, interacciones DNA-proteína, detección de splicing alternativo.

• Saber procesar muestras para estudios proteómicos.

• Aprender a interpretar los datos de MALDI-TOF de proteínas y péptidos digeridos y utilizar las bases de datos necesarias para su identificación.

• Comprender las innovaciones de las técnicas de proteómica masiva.

• Conocer las innovaciones para el estudio de las interacciones funcionales de macromoléculas en las células y del metaboloma.

Tema 1.- Introducción a las ciencias ómicas. Concepto, importancia, tipos de ciencias ómicas. Fundamentos esenciales de la caracterización y aislamiento de macromoléculas

Tema 2.- Introducción a la purificación de proteínas.

Parte 1: Proteómica

Tema 3.- Metodología aplicada a las ciencias proteómicas: Electroforesis bidimensional, técnicas de tinción y detección de proteínas en geles. Marcaje específico de proteínas. Caracterización mediante espectrometría de masas de proteínas: MALDI-Tof, electrospray, HPLC-masas, Fingerprinting. Técnicas específicas aplicadas a la caracterización de la expresión de proteínas mediante proteómica: DIGE y Silac, aplicaciones biológicas.

Tema 4.- Metabolómica: Metodos aplicados a la metabolómica y aplicaciones en el campo de la biomedicina y biotecnología.

Parte 2: Genómica y transcriptómica

Tema 5.- Genómica y transcriptómica, conceptos generales, aislamiento de ácidos nucleicos de alto rendimiento para la aplicación en técnicas ómicas. Retrotranscripción.

Tema 6.- Caracterización de la expresión génica en ciencias ómicas, Arrays de expresión, RT-PCR, métodos de normalización de la expresión, control de calidad en los experimentos genómicos y transcriptómicos.

1.- Casos prácticos de purificación de proteínas y seguimiento de proteínas vegetales in vitro e in vivo. Herramientas múltiples para su caracterización.

2.- Análisis de la expresión génica por medio de arrays de expresión de células tumorales y control en cultivos celulares

3.- Análisis mediante técnicas de proteómica de cultivos celulares bacterianos que sobre-expresan o no diferentes proteínas recombinantes.

• The Proteomics Protocols Handbook. Editors: Walker, John M. (Ed.) 2005 Springer
• Transcriptomics in Health and Disease. Editors: Passos, Geraldo A. (Ed.) 2014 Springer
• Genomic Applications in Pathology. Editors: George Jabboure Netto, Iris Schrijver. 2015 Springer
• The Handbook of Metabolomics. Editors: Fan, Teresa Whei-Mei, Lane, Andrew N, Higashi, Richard M. (Eds.) 2012 Springer
• Difference Gel Electrophoresis (DIGE): Methods and Protocols. Editors: Cramer, Rainer, Westermeier, Reiner (Eds.) 2012 Methods in Molecular Biology, Springer
• Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture (SILAC): Methods and Protocols Editors: Warscheid, Bettina (Ed.) 2104 Methods in Molecular Biology, Springer

Mascot: http://www.matrixscience.com/search_form_select.html

Ingenuity Software: http://www.ingenuity.com/

Tutorials on 2D-Electrophoresis: http://www.bio-rad.com/es-es/applications-technologies/2-d-electrophoresis

Tutorials on PCR arrays: http://www.sabiosciences.com/RTPCR.php

Todo lo relativo a la evaluación se regirá por la Normativa de Evaluación y de Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada Normativa. Las pruebas de evaluación de la adquisición de las competencias serán diversificadas. La evaluación se realizará mediante:

• SE1. Exámenes escritos y orales sobre las materias.

• SE3. Exposiciones orales, individuales o en grupo, de trabajos sobre contenidos de la materia (seminario) y sobre ejecución de tareas prácticas correspondientes a competencias concretas.

• SE4. Observación por los profesores y tutores de las conductas que realiza el alumno en la ejecución de tareas o actividades que se correspondan con las competencias, así como el grado de participación.

La superación de cualquiera de las pruebas no se logrará sin un conocimiento uniforme y equilibrado de toda la materia.

Calificación

El sistema de calificaciones se expresará mediante calificación numérica de acuerdo con lo establecido en el Art. 5 del R. D 1125/2003, de 5 de septiembre, por el que se establece el sistema europeo de créditos y el sistema de calificaciones en las titulaciones universitarias de carácter oficial y validez en el territorio nacional. La calificación, será:

1. los exámenes supondrán un 30% de la calificación final.

2. las tareas especializadas otro 30%.

3. la elaboración y exposición de trabajos etc. otro 30%.

4. la participación y actitud un 10%.

El artículo 19 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que los estudiantes que no hayan superado la asignatura en la convocatoria ordinaria dispondrán de una convocatoria extraordinaria. A ella podrán concurrir todos los estudiantes, con independencia de haber seguido o no un proceso de evaluación continua. De esta forma, el estudiante que no haya realizado la evaluación continua tendrá la posibilidad de obtener el 100% de la calificación mediante la realización de una prueba y/o trabajo.

• Examen escrito sobre el contenido del módulo con un peso del 100% sobre la calificación

El artículo 8 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que podrán acogerse a la evaluación única final, el estudiante que no pueda cumplir con el método de evaluación continua por causas justificadas.

Para acogerse a la evaluación única final, el estudiante, en las dos primeras semanas de impartición de la asignatura o en las dos semanas siguientes a su matriculación si ésta se ha producido con posterioridad al inicio de las clases o por causa sobrevenidas. Lo solicitará, a través del procedimiento electrónico, a la Coordinación del Máster, quien dará traslado al profesorado correspondiente, alegando y acreditando las razones que le asisten para no poder seguir el sistema de evaluación continua.

La evaluación en tal caso consistirá en:

• Examen escrito sobre el contenido del módulo con un peso del 100% sobre la calificación